顯微鏡環境控制系統是為顯微鏡專門定做的可維持顯微鏡操作空間內特定恒溫環境的培養箱 (incubator),是活細胞工作站的重要組成部分。可控制的參數有溫度、濕度、氧氣濃度、二氧化碳濃度,為在顯微鏡下長時間細胞觀察培養、延時成像等提供條件。